Realizując prośby parafian, ksiądz Fidelus 11.03.1957 roku zwołał zebranie mieszkańców, celem podjęcia decyzji co do budowy kościoła. Jak odnotowano w Kronice, zebranie odbyło się w Szkole Podstawowej w Podłężu. Projektantami kościoła byli inżynierowie Łomnicki, Zgud i Krawicki. Nowy kościół miał pomieścić 3000 wiernych. Ksiądz Fidelus podjął decyzję, aby wybudowany na placu budowy magazyn, przeznaczyć na kaplicę. Od tego czasu niedzielne Msze święte przeniesione zostały z małej kapliczki pod wezwaniem Św. Józefa na plac kościelny.
19 września 1960 roku odbyła się wizytacja nowopowołanego Arcybiskupa Krakowskiego Karola Wojtyły, połączona z bierzmowaniem. Po przywitaniu przez parafian, przemówił biskup Wojtyła, podziękował wiernym za wkład w budowę kościoła i życzył dalszej owocnej pracy. Budowa kościoła zmierzała ku końcowi i nadszedł dzień 24.06.1962, data bardzo ważna dla społeczności podłęskiej, tego dnia dokonano bowiem poświęcenia kościoła, który otrzymał patronkę w postaci Królowej Korony Polski. Poświęcenia nowego kościoła dokonał ksiądz biskup Karol Wojtyła. Pierwszą Mszę Świętą w kościele odprawił ksiądz Kanonik Mikołaj Kuczkowski, kanclerz Kurii Metropolitarnej, późniejszy budowniczy i proboszcz kościoła w Krakowie Mistrzejowicach, w asyście licznych księży. Dnia 2 maja 1964 roku odbyła się w kościele w Podłężu kolejna bardzo ważna uroczystość. Dokonano bowiem konsekracji kościoła, dokonał jej Arcybiskup Metropolita Krakowski Karol Wojtyła. Kościół w Podłężu był pierwszym kościołem, który konsekrował Karol Wojtyła, późniejszy Ojciec Święty. W 1967 roku grupa wiernych podjęła starania w Kurii Metropolitarnej w Krakowie, aby uzyskać zgodę na przydzielenie księdza, który odprawiałby codzienne Msze Święte i zamieszkał w Podłężu. Tak też się stało i do Podłęża przybył ksiądz Antoni Pawlita, który administrował kościołem w Podłężu. Mieszkańcy Podłęża wykonali kolejny krok, zaczęli starać się o ustanowienie parafii. Dopięli swego dopiero w 1978 roku. Decyzją Kurii Metropolitarnej do Parafii w Podłężu należą wieś Podłęże oraz część Zakrzowa i Zakrzowca.
W roku 1979 ksiądz Pawlita został przeniesiony do parafii w Myślenicach, a do kościoła w Podłężu jako nowy proboszcz przybył ksiądz Tadeusz Szarek. 17 października 1993 roku zmarł ksiądz Andrzej Fidelus, długoletni proboszcz i dziekan niepołomicki, budowniczy kościoła w Podłężu. W czerwcu 1994 roku ksiądz proboszcz Tadeusz Szarek został przeniesiony do parafii w Krakowie Kobierzynie. 24 czerwca 1994 roku na jego miejsce przybył ksiądz Piotr Kałamacki. Po objęciu parafii, rozpoczął budowę wikarówki, którą ukończył przed Bożym Narodzeniem tegoż roku. 19 października 1994 roku odbyło się uroczyste odsłonięcie tablicy ku czci Ojca Świętego, który kościół konsekrował, oraz ku czci księdza Andrzeja Fidelusa, proboszcza z Niepołomic w pierwszą rocznicę jego śmierci. W maju 2000 roku zmarł ksiądz Kanonik Piotr Kałamacki. Został pochowany na miejscowym cmentarzu. Nowym proboszczem został ksiądz Józef Gilek. Od 1 lipca 2008 roku proboszczem parafii w Podłężu został mianowany ksiądz Prałat Tomasz Boroń, Kapelan Ojca Świętego, od 1990 do 2007 roku dyrektor Domu Rekolekcyjnego Episkopatu Polski „Księżówka” w Zakopanem. Po 13 latach ks. Prałata Tomasz Boroń przeszedł na zasłużoną emeryturę, ale nadal mieszka i posługuje w parafii. 1 lipca ks. Arcybiskup Marek Jędraszewski mianował nowym proboszczem ks. Andrzeja Ziębę.